Вибори на багатопартійній основі в усіх республіках супроводжувалися прийняттям нових республіканських конституцій, а в ряді випадків і декларацій про незалежність, у яких проголошувався пріоритет республіканських законів над союзними. Результатом цього стали розпад єдиного конституційного порядку в країні та виникнення паралельних конституційно-правових систем.

З кінця 1990 р. почалася серія засідань та консультацій, як на рівні президії СФРЮ з участю представників усіх республік, так і на двосторонніх зустрічах республіканських делегацій. Була розглянута низка різних проектів змін відносин у межах федерації. В результаті не тільки з’ясувалися позиції сторін, а й виявилися їх непримиренність та зростаючі розбіжності: Сербів та Чорногорія прагнули зберегти федерацію; БіГ та Македонія схилялися до конфедеративного устрою; Словенія та Хорватія виступали за союз самостійних і суверенних держав, базований на конфедеративних відносинах.

Федеральні органи СФРЮ поступово втрачали основні владні важелі. Ставало дедалі очевиднішим, що швидко реформувати федерацію, з необхідністю чого погоджувалися всі ії суб’єкти, не вдасться. Неокомуністичне керівництво Сербії й Чорногорії прагнуло до збереження соціалістичних підвалин суспільства, а з ними й федеративної держави, тоді як лідери інших республік уже практично приступили до демонтажу всіх структур «самоврядного соціалізму», а також створення правових основ національного суверенітету.

Розраховані на здійснення в умовах єдиного економічного простору, економічні реформи, які рішуче розпочав А. Маркович, захлинулися, між республіками розпочалися справжні економічні війни: торговельні зв’язки розривалися, транспортні перевезення блокувалися, а на майно «чужих» фірм накладався арешт. Це призвело до загального спаду виробництва в країні на 20—25 %.

Республіканські політики, що прийшли до влади, відмовлялися проводити погоджені дії з федеральним урядом А. Марковича, що спричинило врешті-решт розвал єдиних правової, фінансової, кредитної систем СФРЮ, припинення функціонування загальноюгославського ринку, зумовило війну федеральних та республіканських законів, остаточно підірвало міжнаціональну стабільність федерації. Процес подальшої дезінтеграції Югославії тривав, постало питання про її існування як федеративної держави.

Президія СФРЮ 3 квітня 1991 р. прийняла концепцію уряду А. Марковича щодо функціонування СФРЮ в перехідний період за формулою «11+3». Вона передбачала прийняття трьох невідкладних поправок до конституції СФРЮ, в тому числі щодо проведення вільних виборів до федеральної скупщини, та одинадцяти законів, спрямованих на забезпечення життєздатності федерації до прийняття остаточного рішення про майбутній державний устрій. Але в республіках прийняття цього пакету проектів законів було заблоковано.

Спроби знайти політичне рішення щодо кризи наштовхувалися на небажання сторін іти на взаємні поступки. До того ж Словенія вже приступила до формування власної армії. Проголошення Хорватією і Словенією незалежності та їх вихід із СФРЮ поставила інші суб’єкт федерації й усе світове співтовариство перед фактом, що здійснився. На порядок денний висунулися питання, до вирішення яких ніхто тоді не був готовий: Чи є одностороння декларація про незалежність достатньою підставою для міжнародного визнання самопроголошенпх республік? Чи має федерація як загальновизнаний суб’єкт міжнародного права право на захист своєї цілісності? Які принципи визначення кордонів нових держав? Ці та інші питання, пов’язані з правонаступництвом державних утворень, ніколи не обговорювалися, а влітку 1991 р. вони перетворилися на животрепетні та найважливіші. Великий вплив на політичні процеси в СФРЮ справив розпад Радянського Союзу, який розпочався із серпневих (1991 р.) подій у Москві.

В жовтні 1991 р. фактично припинила свою діяльність президія СФРЮ, що складалася з представників усіх республік. СКЮ та ЮНА. Члени президії від Сербії, Чорногорії та ЮНА заявили про перехід до них усієї повноти влади. Природно, що представники інших республік у вищому органі федерації з цим рішенням не погодилися. Пішов у відставку голова уряду А. Маркович. Фактично єдиним загальноюгославським інститутом залишалася ЮНА, яка активно виступала за збереження федерації.

Наприкінці 1991 р. розпочалася смуга міжнародного визнання незалежності Словенії та Хорватії. Серед перших держав, які встановили дипломатичні відносини з ними, були Німеччина та Україна, а до кінця року їх кількість наблизилася вже до 20.

Хорватський сабор звільнив з посади голови президії СФРЮ С. Месича, який після повернення в Хорватію заявив: «Я боровся за інтереси Хорватії на тій ділянці, яку мені було доручено. На мою думку, я виконав завдання — Югославія більше не існує».

Керівництво Сербії та Чорногорії розпочало процес відновлення нової федеративної держави на уламках СФРЮ. В Бєлграді 27 квітня 1992 р. було оголошено про утворення Союзної Республіки Югославія (СРЮ). Скупщина затвердила конституцію нової федерації, а на початку червня відомого письменника Д. Чосича було обрано президентом СРЮ.