Переростання державної кризи в збройний конфлікт мало свої особливості в кожній республіці. Влітку 1991 р. руйнівні процеси в СФРЮ стали пануючими, некерованими та необоротними. Трагічний розвиток подій спричинювався насамперед об’єктивного неможливістю розв’язати одразу той клубок різнопланових проблем у багатонаціональній федеративній державі, які складалися протягом десятиліть.

Становище в Югославії ускладнювалося тим, що нове керівництво республік не хотіло очікувати. Вимоги про термінове виведення з територій Словенії й Хорватії підрозділів ЮНА та суворе дотримання існуючих кордонів мали ультимативний характер. Питання ж умов сецесії, правонаступності, поділу майна багатонаціональної держави, визначення міждержавних кордонів, долі ЮНА, забезпечення прав національних меншин тощо заздалегідь не обговорювалися.

Союзний уряд 26 червня 1990 р. визнав рішення Словенії та Хорватії про державну самостійність незаконними. У свою чергу, депутати федеральної скупщини від цих республік покинули Белград. Президія СФРЮ віддала наказ командуванню ЮНА взяти під контроль зовнішні кордони Словенії. Це рішення було продиктоване прагненням зупинити процес дезінтеграції федеративної держави.

У Словенії зіткнення між армійськими підрозділами, до складу яких входило 22 тис. чоловік, та словенськими військовими формуваннями, що налічували до 50 тис. бійців, розпочалися в день прийняття рішення про початок операції. Президент М. Кучан засудив агресію проти Словенії й закликав населення до опору. Словенцям одразу вдалося заблокувати більшість армійських гарнізонів. У ЮНА навпаки, спостерігався занепад морального стану, про що свідчило масове дезертирство, а близько 2,5 тис. військовослужбовців опинилися в полоні. Під час збройних сутичок на території республіки загинуло понад 60 чоловік. Загроза розгортання міжетнічного конфлікту в Югославії викликала стурбованість у Європейському співтоваристві (ЄС), яке запропонувало свої посередницькі миротворчі послуги. Лише завдяки присутності делегації-доброї волі ЄС президія СФРЮ 1 липня 1990 р. затвердила своїм головою представника Хорватії С. Месича, проти кандидатури якого досі категорично виступала Сербія. Була також досягнута домовленість про припинення вогню, а Хорватія та Словенія зобов’язалися дотримуватися тримісячного мораторію на рішення про вихід із СФРЮ.

У присутності делегації ЄС відбулися переговори вищих керівників СФРЮ, Словенії та Хорватії, за підсумками яких 7 липня прийнято спільну декларацію «Про мирне розв’язання кризи югославської держави». В документі підкреслювалося, що визначити майбутнє держави мають народи СФРЮ. Згідно з домовленостями передбачалося без буль-якпх умов терміново розпочати переговори між заінтересованими сторонами з усіх аспектів майбутнього устрою Югославії, встановити ефективний контроль за ЮНА, всі учасники конфлікту зобов’язувалися утримуватися від будь-яких односторонніх кроків. 18 липня президія СФРЮ прийняла рішення про виведення ЮНА із Словенії в тримісячний строк.

Якщо в Словенії конфлікт мав форму протистояння між федеральним центром і республікою, то в Хорватії він набув характеру міжетнічної війни. Головна проблема полягала в характері розв’язання питання про право націй на «самовизначення. Треба було вирішити: хто мав право на самовизначення і відділення — держава або народ? Якщо держава, то республікам лишається тільки уточнити свої кордони та визначити умови сецесії. Якщо окремий народ у межах багатонаціональної республіки, то який статус внутрішніх кордонів і як їх визначати?

Центром міжетнічного протистояння в СФРЮ стало «сербське питання». Після розвалу федерації 2 млн. сербів опинилися поза межами Сербії. Вони прагнули вільного, рівноправного визначення свого майбутнього. В самій Сербії домінували настрої солідарності з єдинокровними братами, які мимоволі стали громадянами інших республік. Цими настроями негайно скористалася націоналістично орієнтована опозиція. Тоді президент С. Мілошевич виступив на захист права сербів жити в єдиній державі, підкреслюючи, що визнання рівноправного статусу сербів у Хорватії, Боснії й Герцеговині є шляхом до стабілізації в цих республіках.

Суть збройного конфлікту у Хорватії полягала в зіткненні інтересів хорватів, які обстоювали своє право на відділення від СФРЮ при збереженні республіканських кордонів, і сербів у Хорватії, які, не відкидаючи перспективи жити з хорватами в єдиній державі, виборювали право самим вирішувати власну долю.

Найнепримиреннішу позицію займали мешканці Сербської Краяни, яка історично ніколи не входила до складу власне хорватських земель. Уперше серби Крайня порушили питання про культурну автономію після приходу до влади ХДС у 1990 р. Нова конституція визнала сербське населення національною меншиною, а розгорнута наступальна націоналістична пропаганда сприяла поширенню антисербських настроїв. Усе, що відбувалося, нагадувало сербському населенню геноцид хорватських усташів щодо сербів за часів минулої війни.

Безпосереднім приводом для розгортання хорватсько-сербського протистояння стала заборона новою загребською владою проведення сербами референдуму, яка викликала демонстративний бойкот хорватського прапора жителями сербських населених пунктів. На референдумі, який відбувся в серпні 1990 р., хорватські серби однозначно висловилися за збереження єдиної багатонаціональної юго-слов’янської держави.

Спроби встановлення хорватського суверенітету на територіях із сербським населенням за допомогою сили викликали опір. Зважаючи на трагічний досвід другої світової війни, така реакція сербів на тиск була досить передбачуваною. 28 лютого 1991 р. Сербська Крайна прийняла рішення про відділення від Хорватії та підтвердила свою належність до СФРЮ.

В центрі конфлікту відразу опинилися дислоковані в Хорватії підрозділи ЮНА, яку в Загребі однозначно кваліфікували як ворожу силу та «оплот сербського гегемонізму». Однак формальні підстави для подібних обвинувачень з’явилися тільки після того, як у ЮНА розпочалося масове дезертирство хорватів, словенців, мусульман та македонців. Роль ЮНА В міжетнічному конфлікті мала подвійний характер. З одного боку, вона виконувала вказівки федеральної влади, а з іншого—намагалася роз’єднати ворогуючі сторони: хорватські збройні формування і сербські силн самооборони.

Певну роль у розпалюванні міжетнічного конфлікту відігравав релігійний фактор. Священнослужителі різних конфесій активно заповнювали той ідеологічний вакуум, який, створився після кризи ідей «самоврядного соціалізму». В Югославії людей почали ділити на католиків (хорвати), православних (серби, чорногорці, македонці) та боснійських мусульман.

Бойові дії охопили саме ті райони Хорватії, де компактно мешкало сербське населення: Сербську Крайну з центром у Кніни та Сербську автономну область із центром у Вараджині (Славонія, Баранья, Західний Срем). Саме ці райони були піддані руйнуванню, а їх сербське та хорватське населення зазнало значних втрат. Війна унесла життя більш ніж 30 тис, чоловік, близько 700 тис. втратили житло й стали біженцями.

Воєнний конфлікт завдав великої шкоди економіці Хорватії. Промислове виробництво скоротилося на третину, колосальних збитків зазнала туристська індустрія. Безпосередні збитки від війни досягли 30 млрд. доларів. Усе життя країни було підпорядковано потребам оборони; понад третина підприємств виконували військові замовлення, левова частка держбюджету витрачалася на утримання армії та інших силових структур, загальна чисельність яких досягла 110 тне. чоловік.

Розгортанню міжетнічного конфлікту в Югославії значною мірою сприяв міжнародний фактор. Якщо на початку кризи в СФРЮ керівники США та Західної Європи досить стримано реагували на проголошення Словенією та Хорватією незалежності, то вже після перших збройних сутичок у Словенії їхнє ставлення до конфлікту змінилося.

Спроби Європейського співтовариства взяти на себе роль арбітра в конфлікті виявилися малоефективними. Саме в цей період відбувся розвал СРСР, одним із наслідків якого стало прискорене перегрупування європейських політичних сил, доповнене фактором об’єднання Німеччини. Саме тоді сформувалося неадекватне ставлення в країнах НАТО до основних суб’єктів конфлікту — Сербії та Хорватії.

Окремі європейські країни вважали, що дезінтеграція СФРЮ відповідатиме їхнім національно-державним інтересам. У грудні Німеччина визнала незалежність Словенії та Хорватії.

В Брюсселі 17 трудия 1991 р. на засіданні міністрів закордонних справ ЄС була прийнята Декларація про критерії визнання нових держав у Східній Європі та СРСР. У ній містилися посилання на Статут ООН, Заключний акт наради в Хельсінкі, Паризьку хартію, загальновизнані принципи самовизначення, права людини, національних меншин та етнічних груп.

У той самий день була прийнята й Декларація про Югославію, в якій констатувалася готовність ЄС визнати незалежність тих югослов’янських республік, котрі підтвердять визнання зобов’язань, що містяться в Декларації про критерії визнання нових держав. У відповідності з цим 15 січня 1992 р. відбулося дипломатичне визнання членами ЄС та іншимн країнами Словенії та Хорватії.

Декларації ЄС створили правове підґрунтя для легалізації односторонніх дій окремих республік, ігноруючи існування югославської федерації як суб’єкта міжнародного права.

Засоби масової інформації країн НАТО головну провину в конфлікті покладали на Сербію та ЮНА, тенденційно висвітлюючи події югославської кризи й свідомо замовчуючи політичну та фінансову підтримку Хорватії з боку Німеччини.

Переконавшись у марності спроб урегулювати конфлікт шляхом угоди ворогуючих сторін або розробки глобального проекту майбутнього устрою країни, представники ООН та ЄС— С. Вене і лорд Каррінгтон — запропонували план поетапного вирішення існуючих проблем. На першому етапі передбачалися припинення вогню, деблокування армійських казарм та виведення підрозділів ЮНА з території Хорватії, на другому — введення миротворчих сил ООН з підтримки миру для роз’єднання ворогуючих сторін та захисту мирного населення Хорватії. Лише після цього планувалося розпочати переговори про статус територій, кордони та ін.

В листопаді 1995 р. в Дейтоні (США) відбулися переговори між президентами Сербії, Хорватії, Боснії та Герцеговини щодо мирного врегулювання на Балканах. Досягнуті домовленості зафіксувала угода, підписана в грудні 1995 р. в Парижі, яка передбачала скасування ембарго на ввезення зброї у «визнанні» держава, відміну економічних санкцій щодо СРЮ, поділ території БіГ між ворогуючими сторонами, підтвердження права Хорватії на Східну Славонію, Варанью та Срем (території, контрольовані хорватськими сербами). Для виконання угоди миротворчі сили ООН замінено 50-тисячним контингентом НАТО, до яких приєдналися військові підрозділи України й Росії.